山东边防总队医院在总队党委的正确领导下，坚持以“三个代表”重要思想党的十六届三中全会和“二十公”的精神为指导，全面贯彻落实科学发展，紧紧围绕“爱民固边”总目标，抓住做好卫勤保障工作这一主线，突出班子建设和队伍建设两个重点。遵循“预防为主，预防结合”的工作方针，坚持为部队官兵服务的方向，实行对外右偿服务，走以医养医之路，确保圆满完成各项工作任务。
医院设有门诊部、内、外、妇儿、五官、中医、传染、放射、诊疗、检查、病理、药房等12个临床和医技科室，是一所健制综合型医院。
医院现有医务人员300余人，具有高级职称50余人，医院设备先进，设施齐全，现有万元以上设备60余台（件），较先进的设备有500MA遥控X光机，大型超声诊断仪、视频脑电图、全自动化分析仪、经颅多普勒、睡眠呼吸障碍诊疗仪、多媒体诊断系统、动态血压监测仪、动态心电图等。
健康体验中心是医院特色项目，有门诊专家亲自进行检查，设备的多种体检套餐，能够满足各类体检要求，同时医院设有特色科室。
外阴白斑科，运用独家研制的新科研成果，以治愈上万例患者，获武警部队科技进步三等奖。医院荣获科技成果奖5项，学术论著15部，论文120余篇。
医院本着“以人为本”“以病人为中心”“以质量为核心”的办院宗旨，坚持“人无我有”“人有我优”“人优我特”的办院方针，不断提高医疗服务质量，以低廉的价格，优雅的环境赢得社会各界人士的广范赞誉。